Tras varios siglos vacío el cerro vuelve a ocuparse de nuevo en el siglo XII. La Orden de San Benito decide edificar en este solar el Monasterio de San Vicente. Un convento de enorme influencia en la vida salmantina, particularmente a partir del siglo XVI. El monasterio acoge durante la Guerra de la Independencia un cuartel militar de las tropas napoleónicas, siendo atacado y destruido en su mayor parte en la célebre batalla de Salamanca.

El poblado prehistórico ocupa buena parte del cerro, una superficie de aproximadamente dos hectáreas. Teniendo en cuenta la concentración de las estructuras excavadas pudo albergar a unas 250 personas.

Fruto de varias campañas de excavaciones arqueológicas, hoy podemos contemplar, organizadas en torno a una calle, cuatro viviendas y una decena de otras estructuras: graneros y despensas. Las cabañas son en su mayoría de planta circular, de entre 4 y 7 metros de diámetro, y están fabricadas con adobes y barro. Varias son las características comunes a todas ellas, por ejemplo poseen un poste y un hogar situados en su parte central y disponen de un banco corrido de adobe adosado al muro interior que haría las veces de asiento y cama. Son posiblemente viviendas habitadas por una unidad familiar a las que se adosaban en su derredor otras dependencias interpretadas como almacenes o graneros.

El poblado fue estable durante varios siglos y de ello da fe la superposición de construcciones de adobe detectada en las excavaciones. Esta continuidad del poblado prehistórico durante siglos en el cerro de San Vicente se explica por la exitosa explotación agrícola y ganadera de los valles circundantes. De las actividades agrícolas destacamos el cultivo de cebada o la recogida de bellotas, almacenadas en los graneros. Igualmente, como reflejo de la relevancia de las tareas agrícolas mencionaremos la multitud de molinos de mano encontrados en el interior de las viviendas. Eran también ganaderos, mayoritariamente de ovejas, lo que lleva a sugerir que practicaban cierta trashumancia de la cabaña y tal vez serían los primeros protagonistas de rutas pecuarias tan exitosas en la edad media como la Vía de la Plata. Se sabe, además, que les acompañaban perros domésticos y, por las huellas en los huesos, que algunos fueron consumidos.

De la importancia estratégica de este enclave en las rutas comerciales desde épocas remotas da cuenta el reciente hallazgo de un fragmento de una escultura egipcia en el interior de una gran casa de la I Edad del Hierro, conocida como la Casa del Jefe.

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