Aunque son numerosos los enclaves arqueológicos de todas las épocas que se han podido reconocer hasta el momento en el desfiladero de la Horadada y el territorio inmediato a aquel, sólo vamos a detenernos en describir aquellos sitios que pueden ser visitados en la actualidad. Tal vez sea el paso de la antigüedad clásica a la Edad Media uno de los momentos históricos peor conocidos a día de hoy en nuestra Comunidad Autónoma. Sin embargo, es en esta zona burgalesas donde se han documentado e investigado un nutrido conjunto de espacios arqueológicos en los que se rastrean las características principales del poblamiento desde finales del Imperio Romano, la etapa visigoda y el nacimiento del condado de Castilla. Los enclaves arqueológicos de estas fases históricas presumen, además, de ser diversos, junto a núcleos de población, existen evidencias de sitios monásticos, eremitorios, iglesias y fortificaciones.

Ubicado en el antiguo almacén ferroviario de la localidad, el Aula Arqueológica ofrece una información completa de las diferentes etapas históricas sobre las que se han realizado investigaciones arqueológicas en los últimos años. Diferentes enclaves de época romana, hispanovisigoda y altomedieval de esta zona ubicada al norte de Burgos, tienen su reflejo en las explicaciones que pueden obtenerse en el centro. El edificio consta de dos plantas y un patio en los que, a través de diferentes recursos divulgativos, se repasan aquellos aspectos conocidos por la arqueología respecto de la vida doméstica, las fortificaciones y la religiosidad de los pobladores en aquellas épocas históricas.

Dominando estratégicamente el desfiladero de la Horadada se halla la fortaleza de Tedeja. En el siglo III, en época romana, se levantó en el lugar una Turris. Una fortaleza de control territorial que con otras muchas jalonaría la vía romana que unía las ciudades romanas de Iuliobriga (Reinosa, Santander) y Veleia (Iruña, Álava). Sin embargo, el gran complejo defensivo que ha llegado a nosotros corresponde a un momento de inseguridad algo más tardío, pues fue erigido en época tardorromana, en el siglo V d. C. Es entonces cuando se amplía y fortifica el cerro de Tedeja con la construcción de una imponente muralla de 2 metros de espesor, precedida de un foso de unos 12 metros de anchura. El lienzo de la defensa, con varios tramos adaptados al relieve del terreno, se refuerza con torres semicirculares que se proyectan al exterior. A su condición de controlar visualmente el territorio se añade en estos momentos la intención de edificar una fortificación inexpugnable. Su acierto constructivo explica que se reforme y continúe en uso en época visigoda y condal. Se refuerza entonces su misión de control fronterizo y de defensa del territorio, ya que esta zona se vio sometida a continuos conflictos territoriales entre los señores feudales.

Los restos de la iglesia se ubican sobre una ladera que permite un extenso dominio visual sobre el valle. Tras varias campañas de excavaciones arqueológicas se ha descubierto la planta completa un antiguo templo basilical de tres naves, cabecera tripartita, un acceso único por el mediodía y un mausoleo situado en el contra-ábside de planta en herradura. En el interior el suelo se encontraba embaldosado. En torno a la iglesia se extiende una necrópolis o espacio sepulcral con tres niveles superpuestos de tumbas. Anejo a la iglesia hay un aljibe, actualmente tapado, y un pórtico de acceso. Los orígenes de esta construcción religiosa se remontan al siglo V d. C. Es uno a uno de los escasísimos restos de arquitectura religiosa tardorromana y visigoda conservados en la Península Ibérica.

 En la actualidad, las estructuras consolidadas se hallan en un amplio espacio ajardinado dotado de señalización divulgativa. En los paneles se plasma gráficamente el aspecto volumétrico original de la iglesia y se realizan hipótesis reconstructivas del espacio interior, todo ello acompañado de textos sobre su funcionalidad y cronología.

Se trata de un complejo de catorce habitaciones rupestres, emplazadas en la zona baja del arroyo de las Torcas, que se alinean en un estrecho y frondoso valle junto a la carretera nacional 629. Debe su nombre a la utilización de estas cuevas como viviendas por parte de los portugueses que trabajaron en la construcción del ferrocarril Santander-Mediterráneo. En origen, fueron covachas artificiales que albergaban una comunidad religiosa y que son claves para el conocimiento del paso del eremitismo al monacato. Otros estudios plantean que el conjunto pudiera responder a un hábitat semiestable de época altomedieval.

La covacha se ubica en el farallón rocoso que domina la localidad. Presenta ábside y contrábside en planta de herradura. Su tipología constructiva la asemeja a los ejemplos eremíticos de época hispanovisigoda o condal. Lugar de culto popular en época medieval, se da como cierto que allí vivió  San Fermín y su sepultura, junto con otras, se trasladó a la iglesia románica de la localidad, del siglo XIII.

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