El primer dato fehaciente sobre el monasterio de San Pedro de Cardeña se encuentra en una escritura de donación del año 902 del conde Gonzalo Téllez y su esposa doña Flámula [1] . Sin embargo, en el s. XVI Esteban de Garibay ya recoge que los Anales Compostellani toman el año 899 como fecha de asentamiento de población en Cardeña. Por su parte, el Cronicón de Cardeña (1327) especifica que en ese año ya fue poblado el monasterio por el rey Alfonso de León. En otra cita de la Crónica Najerense (s. XII) se vincula el monasterio al castillo de Grañón, pero no hay acuerdo a la hora de interpretar la fecha (885 o 889).
Los historiadores (P. Serrano, P. Berganza, P. Gonzalo Martínez, Fr. Juan de Arévalo, Fr. Jesús Álvarez, Fr. Justo Pérez de Urbel, Andrés Ordax, José Luis Senra Gabriel y Galán) consideran que el monasterio tuvo que fundarse anteriormente. Estos son los argumentos más significativos:
Si la ciudad de Burgos fue fundada hacia 884[2], probablemente el monasterio de Cardeña de 899 sería una refundación de un cenobio visigodo anterior, al que ahora la ciudad le daba un empuje definitivo con el apoyo del rey Alfonso III el Magno. Esta hipótesis se vería corroborada por la colocación de la efigie de este rey en la espadaña de la iglesia.
Esta implantación monástica supuso un elemento estructurador de la zona con pequeños asentamientos de carácter agrícola-ganadero, pero sin una población relevante. En la zona no existen "villas" y tampoco la "diócesis" tiene una capacidad integradora. El monasterio es un "microcosmos" que articula una comunidad, un edificio, una explotación agrícola, una afinidad de conciencia y una propiedad común que defender. La ordenación está garantizada por la Regla que posee el abad, Codex regularum[3], que tendría su inspiración en la regla de S. Benito, pero que recogería elementos de otras como la de S. Casiano, S. Agustín, S. Basilio, S. Isidoro o S. Leandro, compiladas en el s.VII en la Regula communis, atribuida a S. Fructuoso de Braga.
Por su parte, la fundación se ubica en un contexto de repoblación y de desarrollo económico en el norte de la Península, en la cual tuvieron un peso específico los reyes de Asturias, Ordoño I y su hijo Alfonso III. Esta expansión, que se inicia con el control del paso de Pancorbo para acceder al valle del Arlanzón, culminó en el valle del Duero a principios del s. X, de ahí que el núcleo poblacional de Burgos se convierta en un centro de inmigración mozárabe, como lo demuestran algunos propietarios con nombre árabe en el valle de Arcos, Villagonzalo de Pedernales, Cardeña o en algunos barrios de Burgos[4].