La realidad histórica que se desprende de la literalidad de los documentos de Cardeña, observada desde los diferentes contextos en los que se escribe y reescribe, no corresponde siempre a la imagen o versión que, a lo largo del tiempo, se ha ido formando de este conjunto monástico. La investigación actual utiliza el concepto "memoria histórica" para indicar la tendencia e interés de ciertos sectores dominantes de la sociedad para seleccionar y reinterpretar ciertos elementos históricos con el fin de crear una versión determinada de los mismos que se irá transmitiendo y consolidando en generaciones sucesivas. Desde esta premisa, separar hecho histórico de su interpretación o de su deriva legendaria no resulta fácil.
Para historiadores como García de Cortázar o Peña Pérez, lejos de ser un caso aislado, se evidencia una constante en el entorno de los monasterios benedictinos occidentales. En ellos, a la dificultad de subsistencia de la comunidad religiosa y su dominio, se une un contexto histórico de gestación de una idea nacional incoada y mantenida por los diferentes poderes fácticos. Los intereses de ambas partes confluirán en el ensanchamiento de lo temporal hacia lo intemporal.
En el mundo medieval de Occidente, detrás de esta creación, hay un protagonista, la Iglesia. Su vinculación a la cultura y su celo por fijarla de forma escrita y archivada, vio en la perpetuación histórica de los monasterios benedictinos el mejor guardián del pasado. Esto explica la autoexigencia de elaborar y custodiar la documentación en cartularios o becerros (Becerro Gótico), donde el fin perseguido no es el orden cronológico. De esta constatación y de la comprobación de la falsedad documentaria, harto frecuente en monasterios benedictinos, surge la hipótesis de creación de una "memoria histórica".
A esto se une o quizá explica mejor, el singular empeño de preservar la memoria funeraria de los personajes vinculados a la comunidad. Los monjes cumplían la encomienda de rezar por su alma, a la vez que veían los beneficios que dichos cuerpos sepultados reportaban a la sostenibilidad y reputación del monasterio. El paso siguiente sería identificar el monasterio y el héroe con un interés compartido por autoridades políticas y religiosas. Este modo de actuar es fácilmente constatable en Cardeña y así se explica la dificultad, a pesar de la constancia documental, para dirimir entre historia y leyenda en cuatro momentos clave de su devenir temporal: su origen y fundación, el martirio de los 200 monjes, la figura del abad Sisebuto y la figura del Cid. En todos ellos se advierte una tendencia a crear una "memoria histórica" motivada de un lado, por la búsqueda de identidad del cenobio y las dificultades de subsistencia de su dominio; de otro, por los agentes externos que ayudan a esta subsistencia, a la vez que aprovechan su carácter sacro para exaltar o glorificar hechos históricos concretos del presente, vinculándolos a otros del pasado. Su objetivo no es otro que acentuar la cohesión de una sociedad, mediante una identidad política o nacional común encarnada en un personaje histórico (Fernán González o Rodrigo Díaz de Vivar). Esta se transmite hasta la contemporaneidad generando una imagen concreta del mismo pasado.
La gestación de "memoria histórica" en Cardeña no tiene un momento concreto. En otros monasterios benedictinos se sitúa en la crisis de identidad del s. XIII, provocada por el ascenso de las diócesis, las nuevas órdenes mendicantes o el Císter. Los estudiosos defienden que el proceso en Cardeña pudo iniciarse en el siglo anterior, tras la ocupación cluniacense en 1149. Es probable que la misma elaboración del Cantar de mio Cid en el s. XIII estuviera dentro del contexto de la visita de Alfonso X al monasterio en 1272, año de construcción de los sepulcros de El Cid y doña Jimena y la relectura que los monjes hacen de su Estoria, presentándosela al rey. En ella habría vinculación entre una época floreciente del monasterio (tal vez la de Alfonso VIII) con la presente de decadencia, pero con expectativas de regeneración. Becerro Gótico y sepulturas del Cid y doña Jimena, unidas a las de los preciados restos de los 200 mártires de la comunidad, se convertirían en la mejor solución. Este es el marco para la creación de las "leyendas de Cardeña" de las que la primera y más exitosa fue la del Cid.
No obstante, la gestación de estas leyendas y su desarrollo no fue óbice para que la comunidad benedictina aumentase el interés por el estudio y la formación, la observancia de su propia regla o la mejora constante de la fábrica del edificio. Este crecimiento no elevó, sin embargo, la cota crítica sobre su propio origen y fundación, su identidad y su historia.