Este periodo abarca desde 1808 a 1939. Comienza con la invasión de las tropas napoleónicas y la consiguiente Guerra de la Independencia. La Batalla de Gamonal en 1808 trajo consigo la destrucción de la ciudad de Burgos y el saqueo del monasterio de Cardeña por las tropas napoleónicas, como bien pudo constatar el general Thiébault, nombrado en 1809 gobernador de Castilla. Su gran estima hacia el Cid hizo recoger sus reliquias, llevándolas a enterrar al paseo del Espolón[1].
Por otra parte, se suprimieron las comunidades religiosas de San Juan y Cardeña. Los religiosos, considerados una lacra social, fueron exclaustrados y sometidos a la autoridad gala. Su supresión dejaría los monasterios a merced de saqueadores hasta que Fernando VII dispuso en 1814 la restitución de sus propiedades. Gran parte de la orfebrería fue vendida o fundida, mientras que los libros fueron llevados a la recién creada Biblioteca Pública de Burgos[2], al frente de la cual situaron a Fr. Manuel Núñez, antiguo abad de Cardeña.
En 1820 triunfaron los liberales y Fernando VII juró la Constitución de 1812. El 1 de octubre de ese mismo año se suprimieron las órdenes religiosas. El abad de Cardeña, Pedro Duro, elaboró un exiguo inventario de orfebrería y objetos de culto, aún no recuperados de los saqueos. En 1821, Manuel Fernández, alcalde constitucional de Carcedo, coteja in situ el inventario ante la petición del arzobispado de donar los elementos útiles a las parroquias pobres. El desolador panorama se deterioraría aún más hasta junio de 1823 en el que volvieron los benedictinos, gracias a la acción de los Cien Mil Hijos de San Luis. Con apenas 13 monjes se recuperó el edificio, se restauraron todas las capillas, especialmente la de los héroes, se colocaron vidrieras e hicieron nuevos sepulcros para doña Sancha, su hijo Teodorico y el conde Garci Fernández.
En 1826 volvieron los restos del Cid y doña Jimena al monasterio; seis años más tarde ya eran 20 miembros los que divisan el futuro con optimismo, incluso, encargan un órgano, mesas de altar, confesionarios, campanas, etc., para que Cardeña recupere el pulso vital, sin embargo, éste no llegará, ya que el Decreto de Desamortización de octubre de 1835[3] suprimía de nuevo todas las órdenes monásticas y, para siempre, la presencia de benedictinos en Cardeña. Fr. Pedro Aenlle permaneció en el cenobio como párroco. El abad realizó inventario para que el obispo Ignacio Rives enviara los efectos a las parroquias cercanas (San Medel, Cardenajimeno, Castrillo del Val). En 1837, algunos lienzos se trasladaron a la Catedral de Burgos. Algunas heredades se subastaron como bienes del estado a lo largo de la década de los cuarenta[4], incluso el monte Elcineto, tasado en 65.000 reales y comprado por 90.000 por el burgalés Francisco Javier Arnaiz, otorgándole escritura en 1850.
Los restos del Cid fueron conducidos a la Casa Consistorial de la ciudad de Burgos en 1842, en una ceremonia con gran boato y exaltación del héroe, como recogió gran parte de la prensa nacional. Durante la década de los cincuenta, Fr. Pedro Aenlle, que continuaba al cuidado del edificio, denuncia su estado ruinoso haciendo necesario intervenir con urgencia. Desde el Arzobispado se estudian diversos proyectos, como crear una casa de misión, al mismo tiempo que se realizan los primeros cálculos sobre el coste de su mantenimiento.
En 1858, el guipuzcoano Juan Pablo Heredia compró la finca y coto circundante, alquilando la planta baja del monasterio. Un año más tarde, Fr. Pedro Aenlle abandonó el monasterio. El arzobispado buscó un sustituto sin éxito hasta que en 1864 se promulga una orden que anula la ley de cesión de bienes eclesiásticos. Esta ley, inducida por la reina Isabel II y muy criticada por la prensa nacional, permitió que Cardeña y Miraflores pasarán a disposición del Arzobispado, debiendo dedicar ambos lugares a casas de corrección o cárceles eclesiásticas.
El cardenal Fernando de la Puente, arzobispo de Burgos, intentó hacerse con la gestión del edificio, pero la orden no llegó a Burgos hasta 1869. Será su sucesor, Anastasio Rodrigo Yusto, quien en 1880 disponía de seis abadías benedictinas en su territorio, el que ofrezca al P. Alphonse Guépin, monje de Solesmes, la abadía de Silos o la de Cardeña para reubicar a religiosos franceses exclaustrados por la Tercera República francesa. El P. Guépin se inclinó por Cardeña, comunicando a su comunidad de Solesmes el acuerdo con el prelado burgalés. La tardanza de la respuesta y la búsqueda de otros lugares en España dieron también, la oportunidad a los trapenses franceses de Divielle, con su prior Francisco de Asís al frente. Finalmente, los trapenses consiguen la autorización de habitabilidad del rey Alfonso XII el 30 de junio de 1880, ocupando Cardeña en noviembre. También le llegó la autorización al P. Guépin, que se instaló en Silos el 18 de diciembre de 1880 con 4 monjes de la abadía de Ligugé. Mientras se instalaban los monjes trapenses, el anciano arzobispo Rodrigo Yusto gestionaba la adquisición de los terrenos colindantes, preferencia absoluta del prior de Divielle. No llegando a un acuerdo con la familia Heredia, propietaria de los terrenos de su interés, en marzo de 1881 y sin aprobación alguna de habitabilidad, los trapenses abandonaron el cenobio burgalés, dirigiéndose al Santuario de Hort, en la diócesis de Solsona.
Durante los años siguientes, el monasterio presenta un estado lamentable, a pesar de las inversiones realizadas. En 1888, el Ministerio de Gracia y Justicia estudia la posibilidad de trasladar el penal de Burgos del exmonasterio de San Juan a Cardeña. Sin confirmarse la petición, a finales del verano se instalaron los Padres de las Compañía de San José de Calasanz, profesores de las Escuelas Pías, que pronto cuentan con cien alumnos y en el 1900 con 200[5], sin embargo, abandonaron el cenobio al año siguiente.
En 1903 se interesaron por Cardeña los Padres Jesuitas, pero no llegaron a ningún acuerdo. Desde 1905 a 1921 habitaron el cenobio los capuchinos de Toulouse con el objeto de formar misioneros para Abisinia y Canadá. En 1905 visitó el monasterio-colegio el estudioso Juan Menéndez Pidal. Tras su visita, el gobernador y los religiosos capuchinos procedieron a descubrir algunos de los vanos de la torre tapiados. Las intervenciones continuaron en 1911 y 1912 sobre las cubiertas y el cauce trasero a la Capilla de los Mártires, esta vez bajo el auspicio económico del gobierno eclesiástico. Los religiosos capuchinos dan cuenta al obispo de que las intervenciones no han sido suficientes y así lo recoge el informe de Fr. Ildefonso de Vilasar en 1914, dando cuenta de las necesidades que tiene la fábrica.
A pesar de la presencia religiosa hasta 1921, la Diputación Provincial comenzó en 1916 a realizar gestiones con el fin de instalar un manicomio en el inmueble. Esta pretensión databa de 1899, pero jamás se habían puesto los medios necesarios. Aunque la inversión era muy cuantiosa, la opción fue cogiendo peso a partir a en 1922, cuando la Diputación conoce que el obispado está dispuesto a ceder el inmueble, si hay aprobación de la Santa Sede, con la contraprestación de una atención asistencial a clérigos diocesanos que requieran de este mismo cuidado. Se encargó el informe oportuno a varios técnicos de arquitectura e ingeniería de la institución y a los médicos de la beneficencia provincial Florentino Izquierdo y Mariano Lostau, contemplando la utilización de las 117 hectáreas de Cardeña como "colonia agrícola para dementes". El informe favorable fue estudiado seriamente por los diputados provinciales Amadeo Rilova, Victorino del Val y Juan Merino, aprobando que el monasterio de Cardeña, restaurado, era el edificio adecuado para enfermos mentales de la provincia. En 1926, un informe desfavorable de Wenceslao López, médico del psiquiátrico de Zaldívar [6] , fue determinante para que el proyecto quedara archivado hasta la Segunda República.
En 1930 intentaron volver los Padres Escolapios para instalar un noviciado, pero el arzobispo Manuel de Castro ya barajaba la instalación de una escuela de verano. No obstante, desde 1927 estaba en contacto con los monjes cistercienses de San Isidoro de Dueñas. En 1937, en plena Guerra Civil, Cardeña se convirtió en un campo de concentración en el que estuvieron recluidos en condiciones infrahumanas hasta 4.000 presos, muchos de ellos de las Brigadas Internacionales.
Al mismo tiempo que Pedro Aenlle realizaba inventarios de objetos litúrgicos para los diferentes obispos, la Real Academia de Bellas Artes comenzaba a ocuparse del edificio. En 1836, una comisión encargada de visitar monumentos exclaustrados, presidida por Valentín Cardera, se acercó a Cardeña, comprobando la deplorable situación. Varios informes del Gobierno de Burgos o del Museo de Burgos impactaron aún más a Cardera, quien escribió en 1838, en el Semanario Pintoresco Español, un bello artículo sobre el Cid y sus traslados.
En 1843, el gobernador solicitó al Ayuntamiento de Burgos el acondicionamiento del camino de Miraflores a Cardeña. En 1844, la Comisión de Monumentos de Burgos incluyó en lugar destacado de su catálogo el monasterio de Cardeña, aludiendo a su origen en el s. VI y postulándolo al reconocimiento de Monumento Nacional. De forma simultánea, el jefe político de Burgos, J. Mariano Herrera, escribió a la Real Academia de Bellas Artes informando sobre los edificios exclaustrados, aludiendo a su condición de monumento glorioso de España por los sepulcros de reyes y personajes insignes. Todo esto sirvió de base para que sucesivas publicaciones suscitaran el interés por Cardeña[7], incluida la de sesiones del Congreso, ante la reivindicación de Fr. Pedro Aenlle ante éste órgano de gobierno, por el impago de atrasos de su pensión.
Sobre el patrimonio bibliográfico, la Real Academia de la Historia comisionó a Pascual Gayangos quien en 1850 visitó Cardeña y se encontró con 4000 volúmenes de los que hizo una selección destinada, en parte, para el fondo de la Academia madrileña.
Las visitas de expertos y los artículos en prensa generaron una visión romántica del monasterio, rescatando de nuevo el valor de sus héroes en la segunda mitad del s. XIX. Así sucedió con la visita de la británica Lady Louisa Tension en 1853, la condesa Gasparin en 1865 o Claudia Hamilton en 1872. Estas visitas y su repercusión mediática motivaron que la Comisión Provincial de Monumentos de Burgos comenzara, a partir de 1860, a ocuparse de los monasterios benedictinos burgaleses exclaustrados. A la vez que se realizaban estas gestiones, en 1964, el cardenal Fernando de la Lapuente y Primo de Rivera, arzobispo de Burgos desde 1957, lograron que la reina Isabel II firmara una Real Orden por la que Cardeña y la Cartuja pasaban a disposición eclesiástica.
Tras el Sexenio Liberal y las numerosas incautaciones, la Real Academia de Bellas Artes exigió al Gobierno una política firme de protección de monumentos religiosos [8].
Son frecuentes las imágenes en prensa de Cardeña, especialmente a partir de la entrega de las reliquias del Cid a la ciudad de Burgos, por parte de Alfonso XII en 1883. De este modo, entre romanticismo y preocupación real, el monasterio es objeto de numerosas referencias bibliográficas. La publicación en 1880, de Rodrigo Amador de los Ríos sobre Burgos: monumentos y artes, su naturaleza y su historia, se convierte en libro de referencia para los estudiosos del XX.
En 1905, el rey Alfonso XIII visitó Burgos con motivo de un eclipse solar, aprovechando su visita para colocar la primera piedra a un monumento dedicado al Cid en la plaza de Castilla. En estos mismos años, Juan Menéndez Pidal, hermano de Ramón, famoso estudioso del Cantar del mio Cid y la figura de don Rodrigo, visitó Cardeña comenzando, poco después, sus investigaciones arqueológicas en el Claustro de los Mártires. Los primeros resultados fueron muy halagüeños (acceso a la cripta, aparición de capiteles y epigrafías desconocidas, etc.), siendo expuestos en Madrid en una conferencia el 16 de marzo de 1905. Sus investigaciones darían lugar, en 1908, a la primera publicación monográfica bajo el título San Pedro de Cardeña: Restos y memorias del antiguo monasterio. La obra, de 1908, se convirtió en punto de referencia para las investigaciones sobre Cardeña y el Cid. Las visitas al monasterio se multiplicaron. A partir de la segunda década del s. XX, Cardeña suscitó un interés inusual para fotógrafos como Vadillo, Villanueva o Cortés y para escritores como Ramón Menéndez Pidal, García Lorca o María Teresa León. Esta última rescató, en 1960, la figura de doña Elvira en Doña Jimena de Vivar, gran señora de todos los deberes.
En vísperas del VII Centenario de la Catedral de Burgos, Rodrigo de Sebastián, director del Instituto Provincial y miembro de la Comisión Provincial de Monumentos, reprochó a la Diputación de Burgos su interés por convertir Cardeña en un psiquiátrico. El rey Alfonso XIII visitó el cenobio en 1921, víspera del traslado de los cuerpos de Jimena y del Cid al crucero de la catedral. Ese mismo año, Narciso Sentenach incluyó el monasterio de Cardeña en el Catálogo Monumental de la Provincia de Burgos. Posteriormente, en 1931, se recogió como Monumento Artístico Histórico junto con Arlanza, Huelgas, Oña, Silos y Fredesval.
En 1934, el arquitecto de Bellas Artes, Francisco Iñiguez Almech, realizó un informe ninguneando la relevancia artística del edificio y reduciendo el riesgo de ruina, según informe presentado por los arquitectos burgaleses José Luis Gutiérrez y Luis Martínez. El informe será determinante, dado que Iñiguez permanecerá al frente de la Dirección General durante la dictadura. Por otra parte, ese mismo año se celebró el milenario de la muerte de los 200 mártires con gran afluencia de público.
En 1941, el abad de San Isidoro de Dueñas, P. Buenaventura Ramos, que sustituyó tras su fallecimiento al artífice de la fundación, Fr. Félix Alonso, acogió a los primeros monjes cistercienses que quieren revitalizar el edificio. El proyecto prendió con futuro ya que el 1 de mayo del año siguiente partió la comunidad fundadora de Dueñas a Cardeña[9]. En 1946 ya tenía suficiente vigor para separarse de la matriz. Paralelo a la restauración de la comunidad monacal, la Dirección General de Bellas Artes realizó diferentes intervenciones en 1941, 1943, 1946, 1948[10], 1950 y 1956 bajo la dirección del arquitecto Anselmo Arenillas o el propio arquitecto-historiador Francisco Iñiguez Almech[11].
En 1949, durante el gobierno del primer abad cisterciense, Jesús Álvarez, se sucederán las restauraciones[12]. Su frenética actividad para recaudar fondos quedó patente en la inauguración de la iglesia (nave central, sillería de S. Juan de Ortega, nuevas imágenes de la Asunción y de S. Bernardo)[13] en 1950. En el cenobio se dieron cita abades, obispos, ministros, directores culturales, etc.[14].
En 1951, se realizó una exposición retrospectiva en Madrid y el abad fue recibido por Francisco Franco en el Pardo, que posteriormente visitó Cardeña. Por otra parte, el Duque de Alba inauguró el hito a Babieca; la Institución Fernán González inició su curso en el cenobio y Ramón Menéndez Pidal fue reconocido como hizo adoptivo de la ciudad.
En 1956, se aprobó la restauración de la torre, apertura de vanos y descubrimiento de su quinto nivel, correspondiente a la ampliación del s. XII. A pesar de las intervenciones, el monasterio presenta una imagen ruinosa. Los monjes exigen una restauración integral, no sólo monumental, y así se lo muestra el abad en una carta a la Dirección General de Bellas Artes en la que cuestiona fechas y los exiguos presupuestos. Dos años después, un artículo en Diario de Burgos alertó del estado ruinoso y de la intención de abandono por parte de la comunidad cisterciense. De inmediato la Comisión Provincial de Monumentos realizó una inspección del edificio distinguiendo el aceptable estado de la zona monumental y el estado ruinoso de la zona monástica.
José Carazo, presidente de la Diputación Provincial, se puso al frente del problema, entrevistándose con el abad Bartolomé Pérez. Comprobó el estado ruinoso de las cubiertas y escuchó la propuesta del abad: que el edificio dejara de ser Monumento Nacional y los monjes se harían cargo de las obras o bien que el Estado aportara cierto presupuesto para su restauración integral. El mismo presidente informó a la Dirección General de Bellas Artes y logra en 1960 la financiación conjunta del Estado, Diputación y comunidad de Cardeña y la declaración como Monumento Histórico-Artístico Nacional de todo el inmueble, incluidas las dependencias monásticas, dado que se le considera primera fundación de S. Benito en España.
En 1961, accedió a la Dirección General de Bellas Artes el burgalés Gratiniano Nieto. Entre 1964 y 1966 se reconstruyó el ala levante del Claustro de los Mártires. Igualmente se repuso parte de las cubiertas, se actuó sobre la nave central y se saneó la Capilla de los Héroes con el mismo criterio de reconstrucción de estilo. En 1967, se sustituyeron el resto de cubiertas utilizando materiales ignífugos, sin embargo, un incendio ese mismo año destrozó completamente el monasterio, calcinando las dos terceras partes. Pocos días después, la Real Academia de Bellas Artes se comprometió con una restauración integral del monasterio para evitar la partida de los monjes. Los arquitectos burgaleses Carlos Moliner y Felipe de Abajo fueron contratados por la comunidad para reconstruir todas las dependencias monásticas, incluida la bodega. Se encomiendó al joven pintor expresionista burgalés, Juan Vallejo, la realización del fresco de la escalera imperial y varios lienzos.
En 1972 la comunidad recibe el informe crítico de Bellas Artes, firmado por Eduardo González Mercadé, sobre todas las propuestas de intervención previstas. En 1975, la arquitecta Ana Iglesias González interviene en la biblioteca y la Sala Capitular. Se recibe la sillería de Santa María de los Montes Obarenes y llegan en depósito del Museo de Burgos, a su vez depositario del Museo del Prado, varias pinturas de Ribera y Juan de Juanes.
En 1987, desde el Ministerio de Cultura, Dionisio Hernández Gil realizó un informe sobre las patologías que presentaba la madera de la Sala Capitular y parte del templo y donde además manifiesta que debido a las agresivas intervenciones realizadas en el claustro románico se ha perdido parte de la historia de Cardeña.
A partir de 1990, siendo abad el P. Marcos García, la Junta de Castilla y León se encargó de las diferentes intervenciones a realizar en el templo. Encomendó al arquitecto Carlos Moliner la dirección de las obras de saneamiento de pavimentos, sustituyendo el entarimado por piedra caliza en el templo, en la Sala Capitular, en la Capilla de los Héroes y en el ábside. Posteriormente en 1996, se actúó sobre torre, bóvedas y cubierta de la Capilla de Nuestra Señora y Santa Catalina.
Iniciado el s. XXI, se instalaron vidrieras en los ventanales de la nave central y el pintor Cándido Pérez Palma realizó dos lienzos de tema cidiano (Jura de Santa Gadea y Destierro) para adornar la Capilla de los Héroes.
En las últimas décadas el monasterio obtuvo sus ingresos de la fabricación de velas y la explotación de una granja de perdices. En la actualidad los ingresos provienen de la elaboración del licor Tizona, el vino Valdevegón y la cerveza Cardeña. Otra parte importante proviene de la hospedería, del turismo, de la agricultura y de la venta de productos monásticos en la tienda. La comunidad está formada por 17 miembros con el P. Roberto de la Iglesia Pérez como abad desde el 2011.