El periodo abarca de 1109 a 1338. Supone un momento de cambio y de apertura a nuevas tendencias para el cenobio de Cardeña. Con la muerte de Alfonso VI (1109) se inició a una etapa que concluirá con la bula papal Benedictina en 1336 y la vinculación de Cardeña al monasterio de San Benito de Valladolid en 1338. Durante estos siglos de decadencia el monasterio de Cardeña se verá sometido a profundos cambios de toda índole, llegándose a utilizar sus bienes para pagar los desmanes políticos. El dominio de Cardeña se vio notablemente diezmado en sus bienes.
La última venta de varias heredades de doña Jimena en 1113[1], en las proximidades del cenobio, da entrada al gobierno de Urraca I, enfrentada a su esposo Alfonso I de Aragón. Cardeña queda bajo su dominio y utiliza los bienes de la abadía para fines militares. La intensa actividad de abades como Martín Cobillas no impide que Alfonso VII, viendo el desorden de los monasterios benedictinos, solicite a Cluny la reforma de las diferentes casas en 1133. La operación se consuma en 1142, fecha en la que el cenobio burgalés es utilizado como moneda de cambio para las aspiraciones imperiales del rey. El cenobio es reducido a priorato y sus tributos entregados a la abadía borgoñona (de 2000 áureos a 200 maravedíes).
El abad de Cluny, Pedro el Venerable, visita Cardeña ese mismo año y expulsa a los monjes reemplazándolos por otros de Carrión, Santa Coloma, San Isidoro y Najéra. La apelación ante el papa Eugenio III por parte del abad Martín Cobillas, trae consigo la reprobación de la decisión tres años después.
De nuevo, los monjes son expulsados y Cardeña se somete a la silla papal, tal y como se recoge en el Cronicón de Cardeña. Esta breve etapa de sometimiento cluniacense no ha dejado huella documental, no obstante, la investigación ha demostrado que durante estos tres años desaparecieron muchos documentos de la época de Sancho III, siendo reemplazados por otros con datos falsificados[2].
La partida de los monjes cluniacenses provocará un enfrentamiento entre los cenobios burgaleses y los prelados (Pedro Pérez y Pedro Domínguez) por el control de los diferentes dominios. A la vez, se debe decidir a qué monasterio pertenecen los monjes exentos de la abadía borgoñesa. Este asunto y la presión del obispo burgalés requieren de la intervención del papa Eugenio III en 1150, firmando una bula por la cual se confía en los obispos de Coria y Segovia para intervenir como jueces en la resolución del litigio.
El conflicto no se soluciona ya que el papa obliga al cenobio cardeniense a recibir al obispo de Burgos anualmente y hospedarle durante su visita. Esta cláusula, que responde también a la instigación de la abadía de Cluny, prolonga las tensiones hasta 1162, año en el que el obispo Pedro Pérez y el abad de Cardeña se presentan ante el papa Alejandro III.
Alfonso VIII inició su reinado a los tres años de edad, debido a la muerte prematura de su padre Sancho III. Durante sus primeros años se producen numerosos saqueos en Cardeña de la mano de Sancho VI de Navarra, que visitó Burgos en 1162-1163. No obstante, a partir de 1167 se confirma la donación de los tributos reales de Carcedo y se le entrega al abad Esteban el señorío de Barcena Mayor.
En 1170, Alfonso VIII obtuvo la mayoría de edad y fue proclamado rey por las Cortes de Burgos. El cardenal Jacinto, legado papal, confirma los privilegios apostólicos de Cardeña, eximiéndole de diezmos y obligándole a adoptar la regla benedictina de Sahagún. En 1973, tras diversas campañas, recuperó todos los bienes usurpados por Sancho VI de Navarra en Nájera. En 1178, el obispo de Burgos, Pedro Domínguez, realizó una importante donación y en 1188 el rey Alfonso VIII confirmaba en Plasencia el antiguo privilegio otorgado por Fernando I, consistente en la libertad de pasto para el ganado cardeniense por tierras de Castilla y Toledo. Igualmente, en 1192, concedía al cenobio derechos de explotación de la sal en salinas del Rosío, quedándose el rey con las de Poza.
Los últimos años del reinado de Alfonso VIII (+1214) coinciden con los años del abadiato de don Juan. Son años de tranquilidad, en los que Cardeña mantiene el dominio sobre su entorno (Carcedo, Orbaneja de Riopico, San Martín de la Bodega y Villafría).
En el s. XIII Cardeña disputará las donaciones y beneficios con otro cenobio benedictino en la ciudad de Burgos, el monasterio de San Juan.
De tiempos de Fernando III se conservan importantes documentos que permiten el conocimiento de la vida de la comunidad. En 1228, Cardeña recibe la visita del legado papal, Juan Sabinense, quien acaba de consagrar la catedral segoviana. Se encuentra con una comunidad mermada, a la que permite ampliar el número de monjes en cuatro más y le insiste en la observancia de la regla benedictina.
En 1272, Alfonso X visitó el cenobio para ordenar algunos sepulcros de la abadía y, sobre todo, disponer órdenes sobre el enterramiento de Rodrigo Díaz de Vivar. Durante su reinado, algunos señores de Burgos trataron de comprar terrenos de la abadía. Después de varios pleitos, el rey blindó los privilegios de Cardeña y ordenó al Concejo de Burgos que se hiciera cargo de los 60.000 maravedís de costas. Este apoyo real a los privilegios de la abadía continuará con Sancho IV quien defenderá a la abadía frente a las quejas de los vecinos por los daños de la cabaña ganadera, ratificando y ampliando el privilegio de Alfonso VIII de 1188 a la zona de Juarros. En 1294 eximía al cenobio de cualquier tributo o derecho cuando se desplazaran los animales[3] y confirmaba la donación de la dehesa y monte de Elcineto para evitar disputas con los vecinos de Modúbar de San Cibrián.
Un año después, con tan sólo diez años, recibió la corona real Fernando IV en un momento de inestabilidad política provocada por los abusos de algunos nobles, que perjudicarán notablemente a Cardeña. El abad de Cardeña gana peso social.
En 1302 fue nombrado abad Sancho Guillén. Cardeña cuenta con 32 monjes. Su habilidad atrajo el apoyo de Fernando IV y de su hijo Alfonso XI, del que obtuvo un importante privilegio en 1326: se les eximía del pago del yantar real por respeto a las personas enterradas en el lugar. En 1331 este privilegio se amplía al impuesto de vaso y mula con el mismo argumento. Esto explica que en 1327 el prior del monasterio, Pedro Pérez, escribiera el Breviario[4], uno de los testimonios más valiosos de Cardeña que incluye la memoria de enterramientos en el monasterio y fuente primordial para la historia áurea de Cardeña. Así lo prueba la devoción del rey por la famosa cruz-amuleto que el Cid portaba en las batallas, solicitada en préstamo en dos ocasiones bélicas: contra Juan Núñez de Lara, señor de Vizcaya, en 1336 y contra Alfonso IV de Portugal en 1337.
En 1336, el papa Benedicto XII promulgó la bula Benedictina para incoar la renovación de los monasterios benedictinos. Burgos quedó insertado en la provincia de Toledo. El Papa encargó a los abades de Cardeña y Silos la visita apostólica para reformar los monasterios de su provincia. El informe de esta visita en 1338 constituye un valiosísimo documento, trasmitido por el abad Lope de Frías y el archivero Juan Torres[5]. De él se desprende lo siguiente: