El gobierno del abad Sisebuto (1056-1086) coincidió con uno de los períodos de mayor esplendor para el cenobio. Fue contemporáneo de otros grandes abades benedictinos burgaleses como Iñigo en el monasterio de San Salvador de Oña, Domingo en el monasterio de Santo Domingo de Silos y García en el monasterio de San Pedro de Arlanza, siendo los dos primeros declarados santos. Lo mismo ocurrió en la abadía de Cluny con la canonización de cuatro de sus responsables.
Los cenobios cuyos abades eran tenidos como santos vieron crecer sus beneficios. En el caso de Cardeña se dieron dos hechos singulares: por un lado, con Sisebuto se alcanzó el máximo esplendor del dominio; por otro, fue contemporáneo de El Cid y es, por tanto, inmediata la recreación legendaria: ¿Ocurrió lo mismo con Sisebuto?
Para Colin Smith no hay duda. El inicio de la formación de la leyenda tiene relación con el lugar en el que el Necrológico Antiguo o Libro de Memorias y aniversarios del siglo XII recoge que la Capilla de Santiago fue su lugar de enterramiento y escenario de uno de los pocos milagros que se le atribuyen (curación de doña María Franca). Que Sisebuto, al poco de morir, ya estuviera enterrado en el interior del templo supone un proceder contrario a la época: se enterraba en un lugar del monasterio y tras ser beatificado, se enterraba en la iglesia.
Por otra parte, insiste Colin Smith, sorprende que en un libro como un Necrológico no haya referencia alguna a aniversarios e, incluso, milagros, más que el aludido. El Breviario de 1327 le considera santo, incluyéndole en la letanía de confesores y en el sufragio sanctorum con oración propia, pero el Cronicón de Cardeña, de ese mismo año, tan sólo le cita como abad[1]. Estas incoherencias o vacíos documentales y el inicio de la leyenda del Cid, llevaron a concluir, al historiador inglés, el inicio de una creación legendaria en el s. XII, que tendría su apogeo en el s. XVI.
Tras la adhesión de Cardeña a la Congregación de S. Benito de Valladolid, con sus austeras normas litúrgicas sobre el culto a los santos, no se advirtió una especial consideración hacia el santo por parte del papa Pío III. Probablemente, esto motivó su olvido hasta en la misma reestructuración del templo con la eliminación de la Capilla de Santiago en la que reposaban sus restos.
Cuando el abad Lope de Frías decidió realizar una biografía sobre la figura del abad Sisebuto se percató de la carencia de información sobre su vida o milagros. Es probable que esta falta de literatura hagiográfica fuera aprovechada por el monasterio para certificar la santidad.
Por el P. Arévalo[2] se conoce otro de sus milagros: la curación de otro tullido. Éste se había enterado del milagro obrado en María Franca y, presto, acudió solícito al abad Sisebuto. Quedó sanado de su mal, tras hacer una novena en honor del abad.
El P. Yepes, defendió la santidad de Sisebuto y alegó su falta de canonización al hecho de que la comunidad no lo pretendió, ya que méritos no le faltaban. En 1610, el abad Pedro de Salazar encargó una imagen del abad para albergar sus reliquias, hasta ese momento custodiadas en el retablo mayor. La Capilla de los Mártires fue el lugar escogido para albergar esta nueva talla. Pero la fama que habían alcanzado los 200 mártires, sobre todo desde su reconocimiento por la iglesia universal, hizo que su figura fuese cayendo en el olvido, con lo que mandó realizar una bella urna de ébano para contener sus restos. Esta urna fue trasladada a una capilla que se encontraba presidida por un retablo cuya imagen representaba la curación de doña Franca.
El papa Pío VI autorizó la celebración de su culto en 1780. A pesar de que se le considera santo, su canonización nunca llegó a producirse. Tras la Desamortización, sus restos fueron trasladados a la Catedral de Burgos.