Villafáfila fue también durante la Edad Media un pujante centro de producción de sal según nos desvelan las fuentes escritas estudiadas por Elías Rodríguez. Desde el siglo X, pero sobre todo entre 1100 y 1250, los habitantes de la comarca, entonces conocida como Lampreana, obtenían cloruro sódico a partir de las salmueras lagunares. En los documentos se denomina pausatas o posadas, cuando no capuanas o cabañas, a las casas de labor, más o menos aisladas de los núcleos de población e inmediatas a las lagunas, en las que se trajinaban las mueras. En ellas o en sus cercanías se localizan los puteos o pozos, de los que se extraían las aguas salobres, los estanques o cisternas en los que se almacenaban, y los eiratos o eras donde, por exposición al sol, es decir por evaporación, acababa obteniéndose la sal cristalizada. Sin embargo, la alusión de las crónicas a cozederos y a cenizales, desvela que también en este momento se obtenía sal por ebullición de las mueras con fuego. En este segundo caso el producto resultante eran unos bloques sólidos (“sal pedrés”) que recibían el nombre de “quessos” y que requerían luego ser triturados en los molinos y ralladeros.

La pujanza de esta actividad se traduce en el territorio en un abultado número de poblados o aldeas, que asciende a cuarenta, repartidas por los alrededores del conjunto lagunar. En una de ellas, El Prado de Llamares, se realizaron excavaciones arqueológicas en las cuales se hallaron muros de piedra y restos cerámicos.

La producción de sal en esta época fue una actividad muy lucrativa y, por lo tanto, estuvo desde muy pronto en manos de los poderosos (los nobles y la iglesia). Por otra parte, la sal de Villafáfila sirvió para abastecer durante medio milenio a todo el territorio del Reino de León, aunque encontró su decadencia a comienzos del siglo XVI, cuando a este centro le resultó imposible rivalizar con los precios de los salines litorales portugueses, andaluces y levantinos.