Las lagunas de Villafáfila, situadas en el interfluvio Esla-Valderaduey, se adaptan a una leve depresión circuida por suaves tesos, a 675 m. de altitud, y forman una cuenca endorreica que a duras penas consigue vertebrar el río Salado. Alcanzan una superficie invernal inundada de medio millar de hectáreas, que básicamente corresponden a la laguna de Barillos (118 ha.), la Laguna Grande (194 ha.) y la laguna de Villarrín o de Las Salinas (70 ha). Junto a ellas existe un largo rosario de esteros menores como Bamba, El Hinojo, Las Paneras, Redondales, El Rual, Salina Pequeña, San Pedro, El Triunfo o Villardón. Todas ellas están sometidas a fuertes fluctuaciones estacionales y sufren con los calores estivales un drástico estiaje, hasta prácticamente desaparecer.

Las aguas de este paraje adquieren la condición de saladares principalmente por descarga subterránea proveniente de un acuífero instalado entre pisos salobres (margas y yesos del Vindoboniense), pero también por escorrentía de las vertientes que transportan sales ascendidas previamente por capilaridad.

Su paisaje ofrece un aspecto estepario bastante desolador, sin más vegetación que los labrantíos y una rala orla de juncos y carrizos en la orilla de las lagunas. En el vaso lagunar destacan, por su originalidad, algunas especies halofitas (guarrapo, castañuela, lechuguinas, barrillas y rabanizas).

Las Lagunas de Villafáfila son, en definitiva, un vulnerable ecosistema considerado como una “auténtica joya” entre los humedales españoles. Actualmente está declarado Zona de Especial Protección para las Aves y cuenta con un centro de interpretación situado junto a la carretera de Villafáfila a Tapioles, en el que los visitantes pueden informarse sobre su importancia ecológica y sus aprovechamientos a lo largo de la historia.