Não há dúvida de que a água é um dos elementos principais. A tal ponto que seria difícil entender o conjunto sem a sua presença, na lagoa, nas fontes e no sistema de rega. De facto, toda a organização do espaço é condicionada pela presença da água, o que obrigou à disposição geral do terreno por terraços a níveis diferentes, para assim garantir a sua circulação e distribuição, tanto pelos elementos lúdicos e ornamentais, como para a rega geral dos jardins, hortas e prados, chegando até à parte baixa da Alameda.

Procedente de uma captação do ribeiro da Garganta do Urso, chega à lagoa e aí se concentra, contida por uma represa de tipo holandês, como se fosse mais um muro a acrescentar aos que já constituem a disposição geral dos jardins.

Esta água chega à Fonte das Oito Bicas, à Fonte da Rotunda e à Fonte do Sudário, e as restantes fontes e jogos de água do jardim romântico funcionam a partir da rede de regueiras, valas, canais e escoadouros que percorrem todo o Bosque.

O aproveitamento deste complexo sistema hidráulico tem a sua expressão máxima na Horta de Baixo, cuja função é claramente produtiva.

Próximo da Porta da Justa, encontramos a lagoa da Tinturaria, que recolhe as águas sobrantes da casa de campo e as encaminhava para o moinho pertencente ao Duque.