En tiempos de Alfonso III (852-910), el avance hacia el sur del Reino de Asturias conlleva la repoblación del territorio conquistado. La Iglesia y necrópolis de Santiuste en Castrillo de la Reina es una evidencia más de este periodo.
En líneas generales, la repoblación se hace con gentes venidas del norte de la Península y mozárabes que, procedentes de la España musulmana, se acogen a los nuevos y viejos territorios del Reino de Asturias.
Se crean nuevas aldeas, como en el caso que nos ocupa, pero también se repueblan viejas ciudades abandonadas. Se restauran diócesis y se levantan monasterios y fortalezas, tan importantes en estos tiempos de tensión entre los diferentes reinos de la península ibérica.
El conjunto aprovecha un destacado afloramiento rocoso de arenisca situado en las proximidades de un regato subsidiario del rio Ciruelos, afluente del Arlanza.
Del poblamiento original perduran una iglesia semirrupestre con el ábside labrado íntegramente en la roca popularmente conocida como Covacha de Santiuste, a la que se asocia una pequeña necrópolis de tumbas antropomorfas y algunas improntas de posibles estructuras de habitación.